مركز كلكسيون میکروارگانیسم هاي صنعتي ايران به عنوان عضوي از مركز منطقه اي MIRCEN اهداف زير را در برنامه هاي اساسي خود قرار داده است :
1. ترويج و توسعة تكنولوژي كاربردي ميكروارگانيسم ها از طريق همكاری بين مراكز تحقيقاتي و آموزشي داخلي و منطقه اي;
2. شناسايي و طبقه بندي ميكروارگانيسم هاي منطقه;
3. تشويق به جمع آوري، شناسايي و نگهداري منابع ژنتيكي ميكروبي و بهره وري از توان آنها در توسعة تكنولوژي ، بهداشت و صنعت كشور;
4. ايجاد ارتباط تحقيقاتي و آموزشي بين كشورهاي منطقه;
5. كمك به برگذاري كنگره ها، سمينارها و دوره هاي آموزشي در زمينة ارائه روش هاي مناسب تر نگهداري ميكروارگانيسم ها و تربيت نيروي متخصص در اين زمينه.