معاونت تحقیقات کاربردی و توسعه فناوری سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، در راستای وظایف حمایتی خود در جهت توسعه علم و فناوری از 3 اداره کل به شرح زیر تشکیل شده است:
- اداره کل پژوهش، فناوری و آموزش
- اداره کل آزمایشگاه های مرکزی
- اداره کل فناوری اطلاعات و امنیت فضای مجازی
اداره کل پژوهش، فناوری و آموزش سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، از 5 اداره به شرح زیر تشکیل شده است:
- اداره پشتیبانی امور پژوهشی و فناوری،
- اداره تحصیلات تکمیلی و آموزش های تخصصی،
- کتابخانه و انتشارات سازمان،
- اداره انتشارات سازمان،
- اداره امور جشنواره ها، کنفرانس ها و کارگاه های علمی و پژوهشی