برنامه پژوهشی جندی‌شاپور توسط مرکز مطالعات و همکاري‌های علمي بين‌المللی و بخش همکاري و فعاليت فرهنگي سفارت فرانسه با فراخوان سالانه اجرا می‌شود. اين برنامه از سال 1383 آغاز شده است، و هدف آن ارتقاء و گسترش همکاری‌های علمی پژوهشی ميان پژوهشگران دو کشور ايران و فرانسه می‌باشد.
نوع حمايت: 
در صورت پذیرش طرح پیشنهادی، مبلغ 600 میلیون ریال از طرف مرکز مطالعات و همکاري‌هاي علمي بين‌المللي برای پژوهشگران ايرانی و از طرف نماينده فرانسه بودجه ای برای پژوهشگران فرانسوی اختصاص داده می‌شود. در مقابل پژوهشگران ملزم هستند که گزارشي سالانه از پيشرفت طرح و فعاليت‌هاي انجام شده در خصوص چاپ مقالات در مجلات معتبر و برگزاری حداقل یک نشست علمی، در صورت امکان با حضور طرف فرانسوی ونماینده علمی مرکز در ایران صورت پذیرد. مدت پروژه‌هايي كه همراه با آموزش در سطح دکتري يا پسا دکتري می‌باشند، حداکثر دو سال است. 
در قسمت "سپاسگزاري" مقالات چاپ شده باید از مركز مطالعات و بخش فرهنگي سفارت فرانسه به عنوان حامی پژوهش قدرداني گردد. جملاتی که باید در قسمت سپاسگزاری ذکر شوند عبارتند از:

. “This work has been supported by the Center for International Scientific Studies & Collaboration (CISSC), Ministry of Science, Research & Technology of Iran and French Embassy in Iran”

. “Cette Recherche a ete soutenue par l’Ambassade de France en Iran et l’CISSC”

 
اولویت‌های پژوهشی: 
برنامه جندي‌شاپور شامل طرح‌هاي مشترک پژوهشي در تمامي حوزه‌های تخصصی از جمله علوم انساني و اجتماعی (حقوق، اقتصاد و مدیریت و...)، علوم پزشکی، علوم فنی و مهندسی، علوم پایه، علوم محيط زيست و زیست‌شناسی است که با در نظر گرفتن اولویت‌های پژوهشی مورد تصويب کمیته‌های علمی دو کشور قرار گرفته است. طرح‌هايی که شرایط ذیل را دارا باشند، در اولویت قرار می‌گیرند: 
• طرح‌هايي که موجب همکاری چند آزمايشگاه يا موسسه مختلف ايراني و فرانسوي شوند؛ 
• طرح‌‌هايي كه کمک به توسعه، به ويژه توسعه اجتماعي- اقتصادي کنند.
• طرح‌هایی که در چارچوب اولویت‌های مرکز مطالعات قرار گیرند.
شرايط شرکت در برنامه: 
1. تصويب طرح توسط يكي از موسسات پژوهشي يا دانشگاه‌هاي وزارت علوم، تحقیقات و فناوری؛ 
2.  انتخاب يك نماينده بعنوان مسئول طرح براي طرح‌‌هايي كه چند موسسه يا دانشگاه در آن مشاركت دارند؛ وابستگی شغلی (Affiliation)  مجری باید از دانشگاه های مربوط به بند 1 شرایط شرکت باشد.
3. متقاضی شرکت در برنامه جندی شاپور نبایستی قرارداد جاری در سایر برنامه های مرکز داشته باشد و در صورتی که طرح مشترکی داشته، از مدت اختتام آن یک سال گذشته باشد تا مشمول استفاده از حمایت مالی این برنامه شود.
مدارک مورد نياز: 
1. تكميل فرم شركت در برنامه پژوهشي جندي‌شاپور از طريق وبگاه مركز (نسخه چاپ شده اين فرم جداگانه به مركز ارسال شود)؛
2. معرفی پژوهشگر از سوی معاونت پژوهشی پژوهشگاه یا دانشگاه متبوع (زیر مجموعه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری)؛
3.  ارائه نام و نشانی کامل ، نشاني پست الكترونيكي و CV محققان فرانسوي و ايراني به عنوان مجری طرح به همراه همکاران، (لازم به ذکر است تنها کسانی می‌توانند از برنامه جندی‌شاپور استفاده کنند که اسامی آن‌ها پیش از تصویب طرح به عنوان همکار طرح در فرم ثبت‌نام ذکر شده باشند. 
4.  ارائه نامه‌ای از طرف همکار فرانسوی مبنی بر موافقت به همکاری در طرح مربوطه؛
کليه مدارک فوق بايد به زبان فارسي به مرکز مطالعات و همکاري‌هاي علمي بين‌المللي ارسال گردد. به جز مورد 4 که بایستی به زبان انگلیسی باشد.
* به پرونده‌های ناقص ترتيب اثر داده نمی‌شود. 
 
تذكر: محقق ايراني طرح بهتر است از ارسال همزمان تقاضا توسط طرف فرانسوي به تصویب کننده طرح در فرانسه اطمينان حاصل كند. در صورتی که یکی از طرفین در موعد مقرر تقاضایشان را به همراه کلیه مدارک درخواستی به موسسه مسئول ارسال نکند، پرونده مورد بررسی قرار نخواهد گرفت.
آخرين مهلت تحويل مدارک تا اطلاع ثانوی تمدید گردید.
برای کسب اطلاعات بیشتر می‌توانید به وبگاه مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی به نشانی http://www.cissc.ir مراجعه و یا با شماره تلفن:  95-88919894 تماس حاصل فرمایید.    
 بررسي مدارک به طور همزمان توسط گروه متخصصان هيأت علمي، فناوري و آموزشي (Mission Scientifique, Technique et Pédagogique - MSTP) و کارگروه‌های تخصصی مرکز مطالعات و همکاري‌هاي علمي بين‌المللي انجام مي‌شود. جلسه کميسيون مشترک متخصصان براي تصميم‌گيري نهایی و اعلام نتايج به متقاضيان نیمه دوم آذر‌ماه انجام خواهد شد. 

سامانه طوبی (ثبت طرح‌های پژوهشی)