دومین برنامه راهبردی مرکز برای دوره‌ی پنج ساله 1398-1394 با همفکری مدیران و کارشناسان مرکز و بر اساس مطالعات پیشین در این زمینه تدوین شده بود در حال انجام است. این برنامه بر اساس ارزیابی نخستین برنامه راهبردی مصوبه‌ی 25 اسفند 1388 تدوین شده است. در این برنامه سعی شده است شناخت وضعیت موجود مرکز برای تشخیص نقاط قوت و ضعف درون‌نهادی و شناخت عوامل محیط بیرونی برای تشخیص تهدیدها و فرصت‌های محیطی اتجام پذیرد. سپس تجزیه و تحلیل نقاط قوت و ضعف، تهدیدها و فرصت‌ها با استفاده از روش تحلیل سوات انجام گرفته و نهایتا تدوین راهبردهایی برای استفاده از نقاط قوت و فرصت‌ها، و کاهش نقاط ضعف و رفع تهدیدها انجام شده است. این برنامه در حال حاضر چراغ راهنمای فعالیت های مرکز است. شایان ذکر است برنامه راهبردی سوم مرکز با بررسی دو برنامه راهبردی گذشته و توجه به برنامه‌های آینده مرکز در حال تدوین است.