در پی امضای یادداشت تفاهم‌نامه همکاری میان وزارت فرهنگ و آموزش عالی وقت جمهوری اسلامی ایران و «مرکز بین‌المللی فیزیک نظری عبدالسلام» در ایتالیا و به منظور گسترش همکاری‌های علمی و پژوهشی میان دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی داخل و خارج کشور، «مرکز همایش‌های علمی بین‌المللی» در فروردین 1378 تأسیس گردید.
مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی وزارت علوم تحقیقات و فناوری به عنوان متولی فعالیت‌های بین‌المللی وزارت متبوع و به عنوان مرجع هماهنگی عضویت در برخی از سازمان‌ها و مجامع بین‌المللی مانند مرکز بین‌المللی فیزیک نظری عبدالسلام، شبکه سازمان‌های علمی جهان سوم، فرهنگستان علوم جهان (TWAS) فعالیت داشته، و دبیرخانه مراکزی مانند شبکه‌های علم و فناوری کشورهای اسلامی، شورای قطب‌های علمی کشور، کمیسیون شتابگرها و محصولات دانش بنیان بوده است. افزون بر آن در سال 1394، برنامه ارزیابی شناسه‌های بین‌المللی دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی کشور با هدف تقویت و اعتلای جایگاه کشور در جهان از طریق گسترش روابط علمی بین‌المللی آغاز شد. که ذیل این برنامه، ارزیابی سالانه و تهیه گزارش عملکرد از فعالیت‌های علمی بین‌المللی مراکز آموزش عالی و پژوهشی و پارکهای علم و فناوری کشور به این مرکز محول شده است. 
با توجه به اینکه یکی از بزرگترین اهداف مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری گسترش و تسهیل ارتباط علمی میان مراکز دانشگاهی و پژوهشی ایران و مراکز علمی بین‌المللی جهان است، برنامه‌هایی همچون جندی شاپور (برنامه همکاری مشترک ایران و فرانسه)، ICRP (برنامه همکاری مشترک ایران و 29 کشور جهان)، برنامه پیترو دلاواله (برنامه همکاری مشترک ایران و ایتالیا)، برنامه حمایت از همکاری‌های بین‌المللی برای توسعه پژوهش‌های کاربردی (ایکارد)، برنامه همکاری‌های بین‌المللی برای توسعه آموزش (آیسد) طراحی و در حال اجراست.
مرکز همچین تلاش می‌کند با حمایت مالی از دانشجویان دکترا برای شرکت در همایش‌های بین‌المللی و برگزاری کارگاه‌های آموزشی و همایش‌های منطقه‌ای و بین‌المللی باعث تقویت همکاری‌های علمی، آشنایی بیشتر با دیدگاه‌های اندیشمندان سراسر جهان و برقراری ارتباط آنها با پژوهشگران داخل کشور شود.