پژوهشکده کشاورزی همزمان با سازمان پژوهشهای علمی و صنعتی ایران در سال 1359 تاسیس شد. این پژوهشکده تنها مؤسسه پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است که در جهت خدمت به نظام تحقیقاتی کشور در زمینه کشاورزی کاربردی فعالیت دارد لذا برای خویش وظیفه و رسالتی ویژه قائل است. پژوهشکده کشاورزی در طی فعالیت خود عرصههای جدیدی از توسعه فناوری و تولید کشاورزی از جمله مبارزه زیستی با آفات و بیماریها، فناوری های نوین در علوم باغبانی، فناوری های پس از برداشت، مهندسی زراعی و علوم دامی را برای نخستین بار به زیر بنای اقتصادی کشور تقدیم نموده است. جایگاه تحقیقاتی پژوهشکده کشاورزی، فصل مشترک تحقیقات در مراکز آموزش عالی کشور از یک سو و از سوی دیگر تحقیقات کشاورزی در سایر مؤسسات از جمله وزارت جهاد کشاورزی میباشد. این جایگاه همچنین در راستای حمایت از تحقیقات کاربردی کشاورزی در دانشگاهها و پژوهشگران وابسته به مراکز آموزش عالی و مؤسسات تحقیقاتی کشاورزی خصوصی و تعاونی قرار میگیرد تا سر پل اتصال تحقیقات کشاورزی در تمام بخشهای دولتی، خصوصی و تعاونی در اقتصاد ملی باشد.حاصل 3 دهه فعالیت پژوهشکده، توسعه فناوری های آماده تجاری سازی برای بخش های مختلف کشاورزی و کمک به این بخش در راستای امنیت غذایی، کشاورزی پایدار و افزایش بهره وری بوده است.
انجام پژوهشهای کاربردی و هدفمند در حوزه کشاورزی پایدار و ارگانیک، زیست فناوری کشاورزی، مبارزه زیستی با آفات و بیماریها، فناوریهای پس از برداشت، گیاهان دارویی، دام، طیور و آبزیان و بیوسیستم در جهت حل مشکلات بخش کشاورزی و تجاری سازی فناوریهای توسعه یافته در پژوهشکده.
دستیابی به جایگاه شایسته در کشور، منطقه و جهان به عنوان یک مرکز پژوهشهای کشاورزی کاربردی در حوزههای ماموریتی، با توسعه و تجاری سازی فناوریهای مورد نیاز بخش کشاورزی و کمک به رفع نیازهای بخش با عنایت به برنامههای توسعه ای کشور، برنامه چشم انداز 1404 و نقشه جامع علمی کشور و همچنین ورود موثر به بازار انتقال فناوری در حوزه کشاورزی.