پژوهشکده زیست فناوری سازمان پژوهشهای علمی و صنعتی ایران از سال 1361 تأسیس و فعالیت خود را در محدوده یک آزمایشگاه و با طرح زیر بنایی ایجاد مرکز کلکسیون قارچ ها و باکتری های صنعتی و عفونی ایران که امروزه به نام مرکز کلکسیون میکروارگانیسم های صنعتی شناخته می شود، آغاز کرد و با دو برنامه پنجساله توانست به یک مجموعه آزمایشگاه های پژوهشی، یک پایلوت پلنت بیوتکنولوژی میکروبی که در نوع خود در کشور بی نظیر است دست یابد. خرید و انتقال تجهیزات پایلوت پلنت پژوهشکده در قالب طرح مشترک سازمان با UNDP و یونسکو انجام شد. این پایلوت از فرمانتور های 15، 75، 750 و 3000 لیتر، سانتریفوژ و خشک کن بصورت یک خط کامل تولید تشکیل شده است.
از آنجا که مدیریت پسماند یکی از چالش های مهم زیست محیطی کشور می باشد، با توجه به ظرفیت های موجود در پژوهشکده بیوتکنولوژی شامل تخصص و تجربه اعضا هیات علمی، امکانات و تجهیزات موجود و طرح های ارجاعی و داخلی بخش دیگری تحت عنوان پایلوت فناوری های زیست پالایی نیز در پژوهشکده می باشد. این پایلوت سهم بزرگی در حل چالش های زیست محیطی کشور، با بکار گیری فرآیند های زیستی در حوزه تصفیه فاضلاب های خانگی و صنایع، زیست فناوری ریز جلبک در زیست پالایی و تولید مواد با ارزش افزوده از انواع پسماندها را ایفا می نماید.
پایلوت میکروآلگ پژوهشکده بیوتکنولوژی زیرساختی با هدف توسعه فناوری کشت و بهرهبرداری از ریزجلبکها (میکروالگ) در ایران راهاندازی شده است. این پروژه بخشی از تلاشهای کشور برای استفاده از پتانسیلهای زیستفناوری در حوزههای سلامت، انرژی، محیط زیست است. این پایلوت استفاده از فتوبیوراکتورها (Photobioreactors) و سیستمهای کشت پیشرفته جهت رشد بهینه و افزایش زیست توده گونههای بومی ایران را امکان پذیر ساخته است.
امکانات و تجهیزات آزمایشگاههای پژوهشی شامل آزمایشگاههای فناوری فرمانتاسیون، آنزیم، تجزیه زیستی، بیورمیدیشن، فناوریهای زیست محیطی، بیولوژی ملکولی و سلولی، آنالیز دستگاهی و پایلوت پلنت های مختلفی می باشد که از جمله آنها پایلوت نیمه صنعتی بیوتکنولوژِی میکروبی، پایلوت فناوری های میکروالگ و فناوریهای پالایش زیستی را می توان نام برد.
در این پژوهشکده کلیه تجهیزات مورد نیاز جهت تولید، جداسازی، تخلیص و فرمولاسیون فراورده های بیولوژیک از مرحله آزمایشگاهی تا نیمه صنعتی جهت تولید دانش فنی و صنعتی کردن یافته های آزمایشگاهی وجود دارد. برخی از این تجهیزات شامل انواع سانتریفوژهای آزمایشگاهی تا نیمه صنعتی، اسپری درایر، فریز درایر، فیلترپرس، اولترافیلتر، انواع شیکر انکوباتور، امکانات بیولوژی ملکولی و آنالیز مانند HPLC و دیگر تجهیزات مربوطه وجود دارد.